在花卉育種上，主要在胚胎培養、單倍體育種、體細胞雜交和植物基因工程等方面應用較多，此外還可采用愈傷組織誘變、花粉培養等多種方法來進行花卉育種。通過組織培養，可縮短育種年限和世代，也有利于基因突變中隱性突變的分離。百合、鳶尾等許多花卉可以進行遠緣雜交，由于生理代謝等方面的原因，常使雜種胚早期敗育，因而得不到雜種植物。而在試管中進行胚培養，可使其順利生長，得到遠緣雜種。

　　

　　運用組織培養，苗木的復壯過程很明顯，對于長期運用無性方法繁殖并開始退化的花卉品種，如康乃馨采用組培方法繁殖，可使個體發育向年輕階段轉化。

　　

　　一些用無性繁殖方法來繁衍的花卉種類如康乃馨、菊花、郁金香、唐菖蒲、水仙、百合、鳶尾、大麗花等，靠無性繁殖不能通過種子途徑去除病毒，病毒逐代傳遞積累，危害日趨嚴重，影響了花卉的觀賞效果。而花卉植物0.1～0.5mm大小的生長點區幾乎不含或含少病毒，因為該區無維管束，病毒難以進入，把這個區從植株母體分離培養，得到的基本上是無病毒苗，為獲得無病毒植株的重要途徑。

　　

　　很多無性繁殖的植物因沒有種子，無法長期保存，其種質資源傳統上只能在田間種植保存，耗費人力物力，且資源易受人為因素和環境因素影響而丟失。而用組培方法保存，可大大節省人力、物力，并延長保存期，保證種質資源不會突變和流失。